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Génomique fonctionnelle et marqueurs de qualité chez l'abricot

Grimplet, Jérôme (2004) Génomique fonctionnelle et marqueurs de qualité chez l'abricot. (Apricot functionnal genomics and quality markers.)

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Prix Léopold Escande 2005 (more)

Abstract

En lien avec la sélection assistée par marqueurs de la qualité des fruits chez l'abricotier (Prunus armeniaca), 71 marqueurs moléculaires impliqués dans la régulation hormonale et dans le contrôle de l'acidité, du taux de sucre, de la texture, de la biosynthèse des arômes, et des pigments, ont été mis en évidence par étude conjointe de l'évolution du transcriptome et du protéome au cours de la maturation et entre génotypes contrastés. Une base de données a été construite contenant 5200 unigènes formés à partir de 18000 EST, fonctionnellement annotés et regroupés par familles multigèniques. Des lames de microarray ont été construites sur lesquelles 1800 unigènes pertinents ont été déposés sous forme d'oligonucléotides 50 mères définis dans la région 3' non codante des transcrits. Celles-ci ont permis de mener l'étude de l'expression des gènes au cours du développement de la variété Bergeron et au travers différentes variétés contrastées pour la vitesse de maturation, la production d'éthylène et la couleur. L'évolution de l'abondance des protéines totales de Bergeron a été étudiée au cours de son développement par électrophorèse bidimensionnelle. Pour faciliter l'identification des spots protéiques, une base de données de protéines végétales chimériques incluant les mutations spécifiques du genre Prunus au sein des séquences complètes de leurs meilleurs orthologues à été construite à partir des données EST. ABSTRACT : In order to improve apricot (Prunus armeniaca) quality with markers assisted selection, 71 molecular markers involved in hormonal regulation and control of acidity and sugar content, texture, flavours and pigments biosynthesis were highlighted by transcriptomics and proteomics comparison of ripening stages and contrasted genotypes. Thus a database, containing 5200 unigenes extracted from 18000 functionally annotated and multigenic families gathered EST, was designed. Microarrays slides were built, and 1800 relevant unigenes were spotted as specific 50mers oligonucleotides designed in the 3' untranslated region of transcripts. Gene expression study was performed on Bergeron cultivar development and between contrasted cultivars for ethylene outburst and color. Total proteins abundance during Bergeron development was analyzed on two-dimensional gel electrophoresis. For improving identification, a plant proteins database including mutations from conceptually translated expressed sequence tags from Prunus into best matches, was designed.

Department:Biologie Intégrative de la Vigne et du Raisin - BIVR (Montpellier, France)
Directeur de thèse:Pech, Jean-Claude
Uncontrolled Keywords:Abricot - Transcriptomique - EST - Protéomique - Bioinformatique - Génomique fonctionnelle haut débit.
Subjects:Agronomy > Agro-food
Biology > Molecular and cellular biology and genetics - Biotechnology
Agronomy > Plant sciences
Deposited On:30 May 2005

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